«Академическая-2» мощностью 63 МВт строилась с перерывом в течение пяти лет по совместному решению СО РАН, администрации области и мэрии Новосибирска в рамках реализации проекта по созданию технопарка Академгородка, напоминает «КоммерсантЪ». Новая подстануия должна была заменить маломощную (36 МВт) и устаревшую «Академическую». Президиум СО РАН выбрал для «Академической-2» земельный участок по улице Инженерная площадью 0,7 га, который позднее предполагалось перевести из федеральной в областную собственность. Заказчиком-застройщиком объекта сначала было определено управление энергетики и водоснабжения (УЭВ) СО РАН, а с 2008 года — областное «Управлению капитального строительства» (УКС). Строился объект в основном на средства региона, областной бюджет вложил в проект более 327 миллионов рублей.

Строительство «Академической-2» было завершено в 2011 году, ее оставалось лишь официально ввести в эксплуатацию. Однако в СО РАН обнаружили, что проект выполнен с нарушениями: без согласования с Росимуществом и официального предоставления участка под застройку, отсутствовало также разрешение на строительство. В конце прошлого года научное ведомство подало иск к УКС с требованием сноса подстанции как самовольной постройки. Позднее правительство области предъявило УЭВ встречный иск на всю сумму вложенных в объект бюджетных средств. 

К призывам судьи договориться стороны не прислушались, настаивая на своих требованиях. В итоге арбитраж отказал обоим участникам конфликта. Экcперты «Ъ» отметили, что таким образом академиков и чиновников хотят заставить пойти на мировую.