Юрий Михайлович Ладыгин родился 21 марта 1960 года в г. Магнитогорске Челябинской области. В 1982 году закончил Магнитогорский горно-металлургический институт. С 1982 по 1984 год проходил службу в Вооруженных Силах. С 1984 по 1993 год служил в органах внутренних дел Магнитогорска.

В таможенных органах c 1993 года. Начинал с должности главного инспектора группы валютного контроля Магнитогорской таможни. Затем занимал должности заместителя и первого заместителя начальника Магнитогорской таможни. С октября 2005 по май 2008 года – начальник Челябинской таможни. В мае 2008 года назначен начальником Краснодарской таможни. С августа 2009 года – первый заместитель начальника Южного таможенного управления по таможенному контролю.

Юрий Ладыгин награждён медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, а также наградами ФТС России.